Depois da Guerra Civil Norte-Americana, Charles Holley volta para casa e descobre que sua família foi assassinada. Deste momento em diante, a missão de vida de Charles é executar sua vingança. Ao longo de sua jornada, ele encontra dois guias, o Reverendo MacKenzie, que está em busca de redenção, e o misterioso Carlo, que o leva até Animus Smite, o homem que controla a cidade.