Em Pinguins de Madagascar, o público vai descobrir os segredos dos mais adoravéis e misteriosos pinguins do mundo da espionagem. Capitão, Kowalski, Rico e Recruta vão ter que juntar forças com uma agência de espiões, a Vento do Norte, liderada pelo Agente Secreto (a gente até podia contar o nome dele, mas aí... você sabe) para impedir que o vilão Dr. Otavius Brine consiga dominar o mundo.