Humanos esperavam um ataque hostil ou a grandes avanços tecnológicos. Nada disso aconteceu. Em vez disso, os alienígenas são refugiados, os últimos sobreviventes de seu planeta natal. As criaturas foram hospedadas em um abrigo improvisado: no Distrito 9 na África do Sul.

O objetivo era aproveitar os aliens para produzirem armamento avançado. Até agora, os humanos falharam, pois a ativação dos armamentos exige o DNA alien. A tensão entre os ETs e os humanos sobe quando um agente de campo da MNU (Wikus), contrai um vírus misterioso que começa a mudar seu DNA. Wikus rapidamente se torna o homem mais procurado do mundo, bem como o mais valioso.